MarvinSketch是一款功能强大的绘制分子结构、反应式并计算相关性质的软件，MarvinSketch利用算法生成3D初始结构也非常合理，利用MarvinSketch生成的3D结构做QM计算的初猜；还有计算pKa等一些经验和半经验计算功能 。

因此小编带领大家学会如何利用StoneMIND Collector等软件快速获取分子的3D结构，快跟我来看看吧。

1.化合物结构的绘制

利用StoneMIND Collector软件将结构提取出来，通过复制-复制SMILES获取绘制正确的smiles分子格式。

2.生成3D结构

打开MarvinSkecth软件，打开一个新画布，右击paste，即可正确显示该化学结构。

3.1该化学结构的异构分子的3D生成

构象异构是一种异构现象，它描述了具有相同结构式的分子由于围绕一个或多个键旋转而具有不同形状的现象。不同的构象可能具有不同的能量，通常可以相互转换，并且很少是可分离的。
Conformers插件生成选定数量的构象异构体或分子的最低能量构象异构体。对于构象计算，使用 Dreiding 力场。

通过点击Calculations-conformation-conformers,即可显示该化学结构的异构分子的3D视图。

首先在Conformers Options面板中设置不同的计算参数：

结果出现在一个新窗口中，其中包含所有计算出的构象异构体及其能量指示：

2.2 Molecular Dynamics通过整合牛顿运动定律来计算系统的能量。

通过点击Calculations-conformation-Molecular Dynamics,即可显示该化学结构的异构分子具有能量的的3D视图。

计算和显示选项可以在Molecular Dynamics面板中设置：

结果显示在新窗口中：

2.3 3D Alignment将药物分子在 3D 空间中相互叠加。

通过点击Calculations-conformation-3D Alignment,即可显示多分子的3D视图。

注意：输入必须是 2D 或 3D 中的两个或多个分子。如果使用 2D 分子，它们的 3D 结构由 generate3D 自动生成。

可以灵活地处理分子的构象，或者可以保留输入的构象。要保留输入构象，只需选择分子。

输出是 3D 中对齐的分子。需要保存对齐的方向。

可以在3D 对齐选项面板中设置以下选项：

对齐选项

l 按扩展原子类型对齐：扩展原子类型分配给每个原子，以实现化学相关的原子覆盖。在对齐过程中，相同类型原子的重叠被最大化。类型区分原子序数、杂化状态和芳香性，例如芳香氮原子与叔胺不匹配。这些扩展的原子类型对应于 Dreiding 力场中使用的原子类型。

l 通过 MCS 对齐：原子-原子配对是从分子的 2D 最大公共子结构中获得的。扩展原子类型的对齐应用于非 MCS 原子。

详细选项

l 初始构象大小： 作为比对输入生成的不同构象的数量。

l 准确度：低、正常、高、非常高：如果选择较低，计算速度会更快。默认为正常。

在 MarvinSpace 中显示：结果窗口是一个 MarvinSpace 3D 查看器。分子以不同的颜色可视化，以便更好地区分结构。

对齐的分子显示在 MarvinSpace 窗口中。单击并拖动以旋转。

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